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La Facultad Politécnica de la Universidad Nacional del Este, se desenvuelve en un contexto socioeconómico complejo y desafiante, redoblando esfuerzos para ofrecer alternativas válidas que eviten el desarraigo cultural de los jóvenes; aprovechen su situación estratégica en la Triple Frontera para fortalecer su oferta académica e influenciar en la formación en valores, la identidad nacional y la competencia profesional de una población circundante multicultural con fuerte arraigo de profesionales y empleados provenientes de los países vecinos.
El inicio de lo que sería en el futuro la Universidad Nacional del Este data del 12 de diciembre de 1991, a través de un convenio que se firmó entre la Universidad Nacional de Asunción y la Itaipu Binacional, iniciando así la filial de la UNA sus actividades en el colegio Nacional E.M.D. Profesor Atanasio Riera del Área 1.
Posteriormente, se logró que en fecha 22 de octubre de 1993, el entonces Presidente de la República del Paraguay, Ing. Juan Carlos Wasmosy, firmara la Ley 250/93 que creó de forma oficial la Universidad Nacional del Este y; por consiguiente las unidades académicas como la Facultad Politécnica, entre otras, mediante Resolución N°01/95 del Consejo Superior Universitario.
La administración de la Facultad Politécnica de la Universidad Nacional del Este, tuvo como primer decano al Licenciado Daniel Brítez, siendo vicedecano, el Licenciado MADE Víctor Alfredo Brítez.
Desde el año 1993, la FPUNE ofrece servicios de formación universitaria en áreas técnicas con una gestión de calidad que apunta a la excelencia académica. La primera carrera con la que la FPUNE contó fue Licenciatura en Análisis de Sistemas.
En el año 1995 fue creada la carrera de Ingeniería Eléctrica y, a partir del año 1996, egresaron los primeros profesionales de la carrera de Análisis de Sistemas.
Desde el año 1996 hasta el año 2000 la FPUNE también desarrolló sus actividades en la escuela Sagrada Familia, del Área 3; ese mismo año se crea la carrera de Licenciatura en Turismo.
En marzo de 1997 se colocó la piedra fundamental de la FPUNE en el Campus Universitario y empezaron las obras para lo que futuramente sería la sede de la facultad. En 1999, la FPUNE se trasladó al km 3,5 donde se desarrollaron las clases. A medida que iba madurando en su funcionamiento, la FPUNE diversificó su oferta académica, así en el año 2001 dio apertura a la carrera de Ingeniería en Sistemas.
Luego de varios años de arduo trabajo, desde el año 2005 la Facultad Politécnica logró asentarse en el Campus Universitario, pudiendo ofrecer mejores condiciones a los alumnos, docentes y funcionarios a la hora de desarrollar sus actividades.
La FPUNE asumió el desafío de incorporarse al desarrollo de los avances tecnológicos respondiendo a las nuevas exigencias del entorno.
En este contexto, en el año 2004 lanzó la primera Maestría en Ingeniería Eléctrica del Paraguay, este programa de Maestría dio como resultado la titulación e incorporación al mercado laboral del primer Magíster en Ingeniería Eléctrica en el Paraguay.En julio del año 2006 la FPUNE habilitó la primera edición de la Maestría en Informática y Computación.
Siguiendo con la política de incrementar el desarrollo de áreas del conocimiento en la Universidad Nacional del Este, en junio del año 2009 la FPUNE habilitó el programa de Especialización en Desarrollo de Sistemas para Ambiente Internet con Tecnología Orientada a Objetos.
En marzo del año 2017 la FPUNE habilitó la primera edición de la Especialización en Dirección y Alta Gerencia Hotelera.
Al año 2018 la Facultad Politécnica cuenta con tres carreras acreditadas por la ANEAES: Ingeniería Eléctrica, Análisis de Sistemas e Ingeniería de Sistemas. En lo referente a la gestión administrativa, se sigue trabajando en el mejoramiento y modernización de la gestión, enmarcado por un ambiente de control interno basado en la definición de riesgo y en la eficiencia operativa, avanzando en la aplicación de principios del Modelo Estándar de Control Interno para entidades públicas – MECIP, y a través de la autogestión para la consecución de recursos extra presupuestarios ante la insuficiencia de los proveídos por el Estado.
Dentro de la gestión de calidad, la Facultad Politécnica implementa algunas estrategias, apuntando a la mejora continua, para el efecto, estrecha vínculos de cooperación mediante convenios con otras instituciones y empresas tanto públicas como privadas.
La Facultad Politécnica de la Universidad Nacional del Este cuenta con varias actividades en el marco de la extensión universitaria e investigación. Algunas de esas actividades son: Curso de Electricidad Básica y Alfabetización Digital, además, publicaciones mensuales y anuales como la revista científica FPUNE Scientific.