CONSELHO DE CIÊNCIA, TECNOLOGIA E INOVAÇÃO DA UNE (CONCITUNE).
Este conselho é composto por Decanos das Faculdades e Diretores das Escolas, tendo como principal objetivo assessorar o Reitor no estímulo e promoção da pesquisa científica e tecnológica, geração, difusão e transferência de conhecimento, invenção, inovação, educação científica e tecnológica, desenvolvimento de tecnologias e gestão correspondente.

COMITÊ CIENTÍFICO DO CONSELHO DE CIÊNCIA, TECNOLOGIA E INOVAÇÃO DA UNE – CONCITUNE.

O objetivo do comitê é emitir propostas e recomendações que contribuam para a melhoria contínua do desenvolvimento das atividades relacionadas à pesquisa, desenvolvimento e inovação, de acordo com as políticas da Universidade Nacional del Este.

ASSOCIAÇÃO DAS UNIVERSIDADES DO GRUPO MONTEVIDÉU (AUGM)
O objetivo da Associação das Universidades do Grupo Montevidéu (AUGM) é impulsionar o processo de integração através da criação de um espaço acadêmico comum ampliado, com base na cooperação científica, tecnológica, educacional e cultural entre todos os seus membros.

REDE DE COOPERAÇÃO INTERUNIVERSITÁRIA EM TIC DO MERCOSUL (RECITIC)
A missão da REDE DE COOPERAÇÃO INTERUNIVERSITÁRIA EM TIC DO MERCOSUL é auxiliar no fortalecimento da pesquisa e do ensino no campo das TICs, promovendo a geração de projetos de colaboração, intercâmbio e promoção de atividades científicas e acadêmicas nas Instituições integrantes da REDE.

ZONA DE INTEGRAÇÃO CENTRO-OESTE DA AMÉRICA DO SUL (ZICOSUR)
O objetivo desta rede é promover ações para o desenvolvimento da região e colaborar com os respectivos governos na identificação de eixos estratégicos que fortaleçam o processo de tomada de decisões. Além disso, fomentar o bem-estar dos habitantes e construir uma visão integral em toda a região, potenciando os efeitos sinérgicos que podem surgir a partir de sua criação.

PROJETO INNOVA ERASMUS+
O Projeto Innova recebe um importante apoio do Programa Erasmus+ da União Europeia, que promove a pesquisa e a inovação com foco nas mudanças climáticas. A iniciativa envolve três universidades do Paraguai, incluindo a UNE, quatro universidades da Bolívia, além dos Ministérios da Educação de ambos os países. Também participam a Universidade de Alicante, Espanha, e a Universidade Portucalense da cidade do Porto, Portugal.

FACULDADE POLITÉCNICA – UNE E O INSTITUTO DE PESQUISAS ENERGÉTICAS E NUCLEARES DA UNIVERSIDADE DE SÃO PAULO (BRASIL)
O objetivo da ligação entre estas duas instituições é promover a troca de experiências no campo do ensino e da pesquisa.

FACULDADE POLITÉCNICA – UNE E O PARQUE TECNOLÓGICO ITAIPU – LADO PARAGUAIO (FPTI)
A ligação entre estas duas instituições tem como objetivo realizar trabalhos de pesquisa em áreas de interesse, como energias renováveis, mobilidade elétrica e automação e controle.

FACULDADE POLITÉCNICA – UNE E A SECRETARIA NACIONAL DE TURISMO (SENATUR)

A ligação entre estas duas instituições tem como objetivo realizar atividades que fortaleçam o ensino, a extensão e a pesquisa desenvolvidos na instituição.